２００２年８月２９日北京市规划委员会、建设委员会、国土资源和房屋管理局和文物局出台了《北京市规划委员会等关于加强危改中的“四合院”保护工作的若干意见》（市规发〈２００２〉１１０４号）对那些未列入文物保护单位的四合院提出了保护的标准和方法，特别是对危改区内的四合院保护提出了具体的要求。
２００３年５月１９日发布《北京皇城保护规划》，皇城规划范围东至东黄城根，南至东西长安街，西至西黄城根、灵境胡同、府右街，北至平安大街。规划占地面积约６.８平方公里。加强对有历史文化价值的建筑或院落的保护和修缮，先期选择两至六片有价值院落集中的区域做试点，进行房屋修缮，改善居住环境。
２００４年４月１９日《北京旧城历史文化保护区房屋保护和修缮工作的若干规定（试行）》，对符合历史风貌的房屋进行保护和修缮，对不符合历史风貌的房屋按照与保护区历史风貌相协调的原则逐步进行改建。
２００２年２月市政府批准了《北京旧城２５片历史文化保护区保护规划》，要求旧城内危房改造不宜采用房地产开发的方式。
２００５年５月１日正式施行《北京历史文化名城保护条例》，保护范围包括：旧城的整体保护、历史文化街区的保护、文物保护单位的保护、具有保护价值的建筑的保护。
２００５年１２月北京市十二届人大常委会第十九次会议对《北京历史文化名城保护条例（草案修改二稿）》进行第三次审议。《条例（草案修改二稿）》中对违反条例的行为作出明确的法律责任规定。对违法拆除、改建、扩建具有保护价值建筑的，由市规划行政主管部门责令恢复原状，并处１０万元以上２０万元以下罚款。